モンテネグロの独立は1878年に認められ、その年、モンテネグロはセルビアの水平な赤青白のトリコロール（リンクが緩んでいた）を独自の州旗に採用しました。そのスラブ全体の色は、ロシアの旗に触発されました。モンテネグロが海軍を買収したとき、プリンス（後の王）ニコラスのシンボルがデザインに登場しました。第一次世界大戦後、独立したモンテネグロは他のいくつかのバルカン諸国とともにセルビア、クロアチア、スロベニア王国（後にユーゴスラビアと改称）の一部となり、独自の旗を持っていませんでした。ユーゴスラビアは第二次世界大戦中に枢軸国によって解散された。名目上独立したモンテネグロはイタリアに占領され、1941年7月から1943年11月まで赤青白の3色を再び飛ばしました。
ユーゴスラビアは戦後連邦として再建され、その構成共和国は旗を採用することを許可されました。モンテネグロは、1946年12月から1993年まで、黄色の輪郭が描かれた赤い星を中心にして、トリコロールを使用しました。他の共和国が1990年代初頭に脱退した後、共和国は（セルビアとともに）ユーゴスラビア連邦に残りました。国は2003–06年にセルビアとモンテネグロとして知られていました。
2004年7月13日、モンテネグロは独特の旗を採用した。古い王室の旗に基づいて、モンテネグロの新しい旗は黄色で縁取られた赤でした。中央には黄色の双頭の鷲があり、ライオンが付いている盾、つまりモンテネグロを統治していたニェゴシュ王朝の王朝の腕を見せていました。2006年、モンテネグロで人気のある国民投票が連邦からの離脱を支持し、独立が6月3日に宣言されました。この日、2004年の旗がモンテネグロの国旗になりました。
