1962年10月24日の国連デーに、太平洋のトラストテリトリー（TTPI）の旗が最初に掲揚されました。TTPIは、国連の監督下で、アメリカ合衆国によって管理されていました。その旗の色、水色と白は、国連の旗の色に基づいていました。ゴンザロサントスによって設計されたこの旗は、ミクロネシア連邦議会での投票に基づいて、1965年に最終承認を受けました。
トラストテリトリーフラグの6つの白い星は、国の6つの地区に対応しています。パラオ、マーシャル諸島、北マリアナ諸島（これらすべては後に別の州になりました）、およびヤップ、トラック（現在のチュウク）、ポナペ（現在はポンペイ）。後者の3つの島グループは、1979年に追加のクサイ地区（現在はコスラエ）とともにミクロネシア連邦になりました。新しいミクロネシアの旗は、1978年11月30日に暫定会議によって設計および承認されました。これまでトラストテリトリーで使用されていた旗のデザインと象徴性に基づいて、この旗は4つの地区（州）に4つの五芒星、太平洋の青いフィールドを中心に。各星の1つの光線は、架空のリングに配置されているかのように、旗の中心から離れたところを指しています。1986年11月3日に米国との自由な関係が達成され、その後フラグに若干の変更が加えられました。元のTTPIフラグの「国連ブルー」がダークブルーに置き換えられました。
